知識產權海關保護分為主動保護和被動保護。所謂主動保護，是指海關履行國家進出境監督管理機關的職責，對進出口涉嫌侵犯知識產權貨物的行為主動監控發現和依法查處；而被動保護，則指海關根據知識產權權利人提供的確切信息和申請發現侵權嫌疑貨物并依法扣留。根據修訂后《知識產權海關保護條例》的規定，海關實施主動保護，可以對侵權嫌疑貨物及相關情況進行調查并對收發貨人予以行政處罰；而海關實施被動保護，則只能扣留侵權嫌疑貨物，由權利人依法提交司法機關處理，海關無權對貨物和收發貨人進行查處。